在使用知网查重时，参考文献也会被查重的原因主要是因为知网查重系统会对整篇文献进行比对，包括正文内容以及参考文献部分。这是为了确保学术论文的原创性和学术诚信，避免抄袭和剽窃现象的发生。知网查重系统会将上传的文献与其数据库中的文献进行对比，以检测文献中是否存在与已有文献相似度较高的部分。因此，即使是参考文献部分也会被系统检测到，进而影响整篇文献的查重结果。

另外，参考文献的查重也有利于提高学术论文的质量和水平。通过对参考文献的查重，可以有效避免学术不端行为的发生，促进学术界的健康发展。此外，参考文献的查重也可以帮助作者更好地审视自己的文献引用是否合理、准确，从而提升文献的学术可信度。因此，尽管参考文献也会被查重可能会增加一些工作量，但这也是保障学术研究规范性和严谨性的必要举措。